Non pas vraiment, le firmware de l'appareil dicte l'organisation des fichiers.
De toutes façons il est assez déconseillé de laisser ses photos sur un support fragile comme une carte SD.
La meilleure manière de trier ses photos est par mots-clés et ensuite un logiciel qui les regroupe intelligemment, un article récent à ce sujet:
http://www.dpreview.com/articles/2252058931/the-lightroom-catalog
L'idée est de taguer tes photos avec des mots clés de ton choix, et ensuite de faire des regroupements comme tu veux (par date, mot clé, localisation géographique, appareil photo, objectif, une combinaison de critères, etc.). Tu peux aussi créer des collections arbitraires. Une fois qu'on a compris comment ça marche, c'est infiniment plus souple que des hiérarchies de fichiers... (et ça permet de travailler avec n'importe quel appareil, de la même manière !) - au final tu n'as pas à te préoccuper de comment sont rangés les fichiers eux-mêmes, ou dans quel répertoire...